Bio-informatique moléculaire : Une approche algorithmique by Pavel A. Pevzner

By Pavel A. Pevzner

Cet ouvrage est los angeles traduction fran?aise d’un texte d?sormais consid?r? comme une r?f?rence dans le domaine ?mergent de los angeles bio-informatique mol?culaire. P. A. Pevzner y traite des cartes g?n?tiques, du probl?me de comparaison de s?quences et d’alignement en passant par les puces ? ADN et le r?arrangement g?nomique. Il couvre ainsi une grande vari?t? de th?mes relatifs aux traitements algorithmiques et combinatoires de questions concerns de l. a. bioinformatique mol?culaire et de l. a. biotechnologie.

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Par la suite, on obtient toutes les solutions en appliquant des transformations simples aux cartes de base. Si le nombre de classes d’équivalence était inférieur au nombre de cartes physiques de manière significative, alors cette approche permettrait de réduire le temps de calcul pour l’algorithme DDP. Schmitt et Waterman, 1991 [309] ont fait le premier pas dans cette direction et ont introduit une relation d’équivalence sur l’ensemble des cartes physiques. Toutes les cartes de la même classe d’équivalence sont transformées les unes des autres par des transformations de cassettes.

Le gène de la mucoviscidose, en particulier, est situé à l’intérieur d’un îlot CG. Quel niveau de contenu CG constitue une indication d’un îlot CG et quand s’agit-il juste de hasard ? Voici quelques exemples de problèmes statistiques correspondants : Problème de la longueur attendue de la LCS Trouver la longueur attendue de la LCS pour deux chaînes aléatoires de longueur n. Problème statistique des chaînes Trouver l’espérance et la variance du nombre d’occurrences d’une chaîne donnée dans un texte aléatoire.

Un peptide (parent) P = p1 , . . , pn est une séquence d’acides aminés de masse m(P ) = m(pi ). Un peptide partiel P ⊂ P est une sous-chaîne pi . . pj de P de masse i≤t≤j m(pt ). Le spectre théorique E(P ) d’un peptide P est l’ensemble des masses de ses peptides partiels. Un spectre (expérimental) S = {s1 , . . , sm } est un ensemble de 1. Recherche en génétique 19 masses d’ions (fragments). Un score entre un spectre S et un peptide P est égal au nombre de masses que le spectre expérimental et le spectre théorique ont en commun.

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